Comentario
La enorme distancia entre Portugal y el teatro de estas nuevas operaciones impedía la supervisión directa del rey, lo que obligó a implantar el sistema del virreinato. En 1505 se nombró a Francisco de Almeida primer virrey de la India y se le dotó de una armada capaz de conseguir y defender las factorías, fortificadas, de los portugueses en la costa de Malabar, así como también en la africana oriental. Durante su gobierno, se aseguró la supremacía portuguesa en la costa oriental africana con la construcción de los fuertes de Sofala (1505) y Mozambique (1507). Poco después la flota portuguesa derrotó en 1509 frente a Diu a la egipcia-gudjaratí, eliminando así a la única fuerza naval musulmana capaz de enfrentársele. Ello posibilitó los avances conseguidos por el segundo virrey, Alfonso de Alburquerque (1509-1515), cuyo gobierno se considera el verdadero arranque del Imperio portugués en Asia. Durante el mismo se adquirió prácticamente todo el área que se llegará a controlar, se aseguraron las plazas obtenidas y se organizó la "Carreira da India". En 1510 se tomó Goa, que desde entonces se convertirá en el principal enclave del imperio índico, con un espectacular despliegue de fuerza militar, y un año después se conquistó Malaca, centro de toda la red comercial existente en el sudeste asiático. Con ello, Portugal controlará el comercio de las islas de las especias y contactará con los mercados chino y nipón. El intento de control del Mar Rojo se había iniciado en 1507, con el intento fallido de conquistar Adén y la toma efímera de Ormuz. La ocupación de la isla de Socotora (1509), fue la antesala para la conquista definitiva en 1515 de Ormuz, desde donde se controlaba el mercado persa y armenio. A los sucesores de Alburquerque corresponderá el control paulatino de las islas de las especias, primero Ternate, en las Molucas, y más tarde Sumatra, Java y las demás islas de Indonesia.
El acceso a los mundos chino y japonés fue mucho más difícil. En primer lugar, su potencia militar descartaba la conquista, como en otros casos. En segundo, eran mundos voluntariamente herméticos, sobre todo China, cerrada a cualquier comunicación con todos los extranjeros, no sólo europeos. En 1513 los portugueses desembarcaron por primera vez en China, pero estos primeros contactos no dieron ningún fruto. Sólo en 1550 consiguieron las autoridades de Malaca licencia para celebrar una feria anual en las afueras de Macao. En 1543 llegaron los primeros portugueses al Japón, a Kiushiu.
Mientras tanto, se había continuado avanzando por la costa brasileña desde la arribada de Cabral. Durante muchos años la única intención de tales expediciones parece ser la búsqueda de un paso hacia Oriente. La existencia de un imperio comercial que ya era una realidad, y no sólo una promesa, motivó que se prestase poca atención a unas tierras habitadas por poblaciones muy primitivas y que sólo parecían ofrecer productos tintóreos. Sólo el interés demostrado por franceses, desde 1503, y más tarde por holandeses, provocó la ocupación de toda la zona concedida por el Tratado de Tordesillas.
Acción descubridora y formación del Estado moderno van unidos, permitiendo las nuevas riquezas crear una administración que englobe todo el imperio y lo defienda de enemigos exteriores. La Corona portuguesa, que se veía libre de la lucha con el musulmán y no tenía los problemas externos e internos que sus coetáneas europeas, pudo permitirse organizar el imperio y el comercio colonial en su propio beneficio. Por medio de barreras arancelarias e impuestos encauzaba la mercadería procedente de sus colonias y la trocaba por los productos exteriores que le interesaban.
A través de una cadena de factorías costeras el comercio portugués accedía a los mercados locales. Una serie de grandes mercados intermedios coordinaban el tráfico de sus áreas respectivas y servían de conexión con las otras. San Jorge da Mina cumplía ese papel en la costa occidental africana, de la misma forma que Ormuz enlazaba el índico con los mercados persas, armenios y árabes, Calicut hacía lo propio con la india y Malaca con las islas de las especias. En Goa estaba asentado un gobernador general, a cuyo cargo tenía una flota de dos escuadrones -uno para el Mar Rojo y otro para la costa de Malabar- con la misión de defender una serie de fuertes situados estratégicamente.
Para organizar los asuntos ultramarinos se crearon varias instituciones. La "Casa da Guiné" fue fundada por don Enrique el Navegante en Lagos, y más tarde se trasladó a Lisboa con el nombre de "Casa da Guiné e Mina". La "Casa da India" se creó al regreso del viaje de Vasco da Gama, con el objeto de coordinar el embarque y desembarque de las mercancías, recaudar impuestos de los comerciantes, preparar las flotas, negociar la construcción de barcos y registrar las personas que pasaban a Oriente. El Arsenal por su parte se encargaba de proporcionar las tripulaciones con los pertrechos, marinos o militares necesarios. El Alto Tribunal de Apelación, el "Desembargo do Paço", decidía los nombramientos judiciales y las reglamentaciones ultramarinas. A la Junta de Conciencia y las órdenes militares le concernían los asuntos religiosos. El Consejo privado del rey llevó los asuntos ultramarinos hasta que en 1569 se creó una secretaría para la India.
La organización del comercio desde Oriente hasta Lisboa, desde Lisboa a Amberes y desde allí a toda Europa, era una tarea excesivamente compleja para las posibilidades portuguesas del momento. Dos veces al año se enviaba la pimienta a la factoría real de Amberes, desde donde se distribuía por toda Europa. A partir de los años treinta del siglo se incrementaron los problemas para el comercio portugués: los asaltos franceses a los barcos obligaron a los portugueses a utilizar barcos extranjeros, sobre todo holandeses; los comerciantes alemanes compradores, arruinados por las guerras religiosas del Imperio, estaban siendo desbordados por los holandeses; y la plata, desvalorizada por el metal americano. Consecuencia de estos inconvenientes fue el cierre, en 1548, de la factoría de Amberes, lo que obligó a los compradores a ir a Lisboa, con pérdida de beneficios para la Corona.
Para agravar la situación, resurgió el comercio mediterráneo de la pimienta, por la amistad turco-francesa y la paz con Venecia, hasta el punto de que hacia 1560 parece que la mitad de la pimienta llegaba por Levante. Los turcos llegaron en 1538 a Aden y en 1546 a Basora, y por tanto al Indico. En 1569 la Corona portuguesa se vio obligada a suspender pagos en Amberes. En 1570 se abandonó el monopolio del comercio de la pimienta y otras especias y se permitió a los súbditos comerciar libremente, siempre que remitiesen las especias a Lisboa y pagasen los impuestos a la "Casa da India".
Las dificultades para controlar y defender una red colonial tan extensa habían fomentado la autonomía de las administraciones locales y el contrabando. Don Sebastián y después Felipe II recompusieron la situación y se aprovecharon de la situación desordenada en Turquía a fines del siglo XVI, pero los problemas con ingleses y holandeses, tras la unión con España en 1580, perjudicaron el comercio de las especias. Siguiendo el modelo polisinodial de la Monarquía hispánica, Portugal mantuvo su autonomía, gestionada por el recién creado Consejo de Portugal, con un secretario para asuntos indios, a los que daba el visto bueno el virrey y después el rey. Este régimen acabó poniendo trabas al comercio, entre la lentitud y las dilaciones, y competirá difícilmente con el sistema más ágil de las compañías privilegiadas europeas del siglo siguiente.
El "Estado da India", tenía objetivos fundamentalmente comerciales, aun cuando no pudiesen absolutamente abandonarse motivaciones colaterales como la evangelización, que por otro lado facilitó en muchos casos el entendimiento con los pueblos indígenas. El Imperio portugués ejemplifica como pocos el paso de la Cruzada al beneficio comercial, de los ideales caballerescos a los intereses burgueses. Sin embargo, los deseos misioneros perdurarán durante toda la aventura colonial, y en muchos casos los comerciantes vieron abierto el camino por los misioneros, como fue el caso de los jesuitas en el Japón y la China.